कोई मिल गया फिल्म की कहानी रोहित मेहरा (ऋतिक रोशन) के इर्द-गिर्द घूमती है, जो मानसिक रूप से कमजोर और भोला-भाला युवक है। उसकी मां, सोनिया मेहरा (रेखा), उसका बहुत ध्यान रखती है। रोहित के पिता, संजय मेहरा (रजत बेदी), एक वैज्ञानिक थे, जिन्होंने एलियंस से संपर्क करने की कोशिश की थी, लेकिन एक दुर्घटना में उनकी मृत्यु हो जाती है।

एक दिन, रोहित और उसकी दोस्त, निशा (प्रीति जिंटा), अपने कंप्यूटर पर संजय मेहरा के बनाए एक प्रोग्राम को चालू करते हैं, जिससे अनजाने में वे एक एलियन से संपर्क कर लेते हैं। कुछ समय बाद, एक UFO पृथ्वी पर आता है और एलियन्स का एक समूह यहाँ आता है, लेकिन वे जल्दबाजी में वापिस लौट जाते हैं, और एक एलियन, जिसे वे जादू कहते हैं, पीछे छूट जाता है।

रोहित और उसके दोस्त जादू से मिलते हैं और उसे छिपा कर रखते हैं। जादू में अलौकिक शक्तियां होती हैं, और वह रोहित को अपनी शक्तियों का उपयोग करके शारीरिक और मानसिक रूप से सामान्य बना देता है। जादू के कारण रोहित में गजब की ताकत और बुद्धिमत्ता आ जाती है, जिससे वह सभी मुश्किलों का सामना करता है। लेकिन धीरे-धीरे पुलिस और वैज्ञानिक जादू की तलाश करने लगते हैं। अंत में, रोहित और उसके दोस्त जादू को पुलिस से बचाते हैं और वह अपने ग्रह वापस लौट जाता है।

फिल्म की मुख्य थीम दोस्ती, इंसानियत, और भेदभाव से लड़ने की है, और यह एक भावुक, प्रेरणादायक और मनोरंजक कहानी पेश करती है।